Im Jahre 1275 wurde Margrethausen erstmals urkundlich erwähnt, als "Husen Margarete". Schon 1339 wurde eine Klause gestiftet, nachdem hier schon eine lange Tradition geistlichen Lebens bestand.

Die Neustiftung eines Franziskanerinnen-Klosters war bis ins 15. Jahrhundert unter die Schirmherrschaft der Herren von Tierberg gestellt. Als diese ausstarben, ging die Herrschaft über diverse Familien auf die Familie der von Stauffenberg über. In Ahnlehnung an diese behielt die Gemeinde den kath. Glauben.

Der 30jährige Krieg setzte der Gemeinde hart zu. Das Dorf und die Klosterkirche wurden verwüstet und zerstört. Aber durch die rührige und fleißige Tätigkeit der Nonnen entfaltete sich das geistige Leben zu Anfang des 18. Jahrhunderts zu einem neuen Höhepunkt. Ein Jahrhundert später setzte die Säkularisation dem kaum aufgeblühten Kloster ein jähes Ende. Die heutige Struktur von Margrethausen weist zwei zentrale Entwicklungszentren auf. Es ist dies der alte Dorfkern, konzentriert auf den Klosterbau mit angrenzender kath. Kirche und einigen Fachwerkhäusern. Im Klosterbau sind das Rathaus mit weiteren gemeindlichen Einrichtungen und das kath. Gemeindezentrum untergebracht. Hier finden heute vielerlei Veranstaltungen, z. B. Vorträge, Ausstellungen und Weiterbildungstagungen statt.

Im zweiten neuen Entwicklungskern befindet sich das Kulturzentrum mit Schule, Turn- und Festhalle und der Kindergarten. Auch hier ist ein reichhaltiges kulturelles und sportliches Angebot vorhanden. Seit einigen Jahren ist hier ebenfalls das Staatl. Seminar für Didaktik und Lehrerbildung (GHS) Albstadt mit einer Lernwerkstatt für angehende Lehrer und ein "Service Zentrum Englisch Grundschule" der Abteilung 7 (Schule und Bildung) des Regierungspräsidiums Tübingen untergebracht.

Aber auch andere Gewerbe- und Handelsbetriebe stärken die wirtschaftliche Kraft und die Arbeitsplatzsicherheit unserer Gemeinde. Moderne Wohngebiete und eine gute Infrastruktur, sowie ein bürgerliches, verantwortungsbewusstes Gemeinwesen sind die Voraussetzungen für ausgezeichnete Zukunftsmöglichkeiten.

Als "gute Stube" bezeichnet, ist
Margrethausen seit 1. Januar 1975
ein Stadtteil von Albstadt.
Margrethausen hat heute rund 1.000 Einwohner.